Facultad de Administración   

• Maestría en Administración de Pequeñas y Medianas Empresas
• Maestría en Gobierno y Administracion
• Maestría en Administración y Gestión de Instituciones Educativas
• Maestría en Fiscalización y Rendición de Cuentas
• Maestría en Administración de Servicios de Salud

Facultad de Arquitectura    

• Maestría en Conservación del Patrimonio Edificado
• Maestría en Diseño Arquitectónico
• Maestría en Ordenamiento del Territorio
• Maestría en Tecnologías de la Arquitectura

Facultad de Ciencias de la Computación  

• Maestría en en Ciencias de la Computación

Facultad de Ciencias de la Comunicación   

• Maestría en Comunicación Estratégica

Facultad de Ciencias de la Electrónica   

• Maestría en Ciencias de la Electrónica

Facultad de Ciencias Físico Matemáticas    

• Maestría en Ciencias (Física Aplicada)
• Maestría en Ciencias (Matemáticas)

Facultad de Ciencias Quimicas / Instituto de Ciencias    

• Maestría en Ciencias Químicas

Facultad de Contaduria Pública    

• Maestría en Administración
• Maestría en Contribuciones

Facultad de Derecho y Ciencias Sociales    

• Maestría en Ciencias Políticas
• Maestría en Derecho

Facultad de Economía   

• Maestría en Desarrollo Económico y Cooperación Internacional
• Maestría en Economía

Facultad de Enfermería    

• Maestría en Enfermería

Facultad de Estomatología    

• Maestría en Ciencias Estomatológicas

Facultad de Filosofía y Letras    

• Maestría en Educación Superior
• Maestría en Estetica y Arte
• Maestría en Filosofía
• Maestría en Literatura Mexicana

Facultad de Ingeniería    

• Maestría en Ingeniería Ambiental
• Maestría en Ingeniería de Transito y Transporte
• Maestría en Ingeniería en Construcción
• Maestría en Ingeniería en Geotecnia
• Maestría en Ingeniería Estructural
• Maestría y Especialidad en Valuación
• Maestría en Ingeniería Electrónica

Facultad de Ingeniería Química

• Maestría en Ingeniería Química

Facultad de Lenguas    

• Maestría en la Enseñanza del Inglés

Facultad de Medicina    

• Maestría en Ciencias Médicas e Investigación Clínica
     www.buap.mx/aspirantes/maestrias/medicina/investigacion/
• Maestría en Administración de Servicios de Salud
     www.buap.mx/aspirantes/maestrias/medicina/administracion/

Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia    

• Maestría en Medicina Veterinaria y Producción Animal

Facultad de Psicología    

• Maestría en Diagnostico y Rehabilitación Neuropsicológica
      www.neuropsicologia.buap.mx

• Maestría en Psicología Social
      www.buap.mx/psic

Instituto de Ciencias    

• Maestría en Ciencias Ambientales
      www.csambientales.buap.mx

• Maestría en Ciencias (Microbiología)
      www.buap.mx/investigacion/microbio/posgrado.htm

• Maestría en Dispositivos Semiconductores
      www.cids.buap.mx

• Maestría de Educación en Ciencias
      www.buap.mx/aspirantes/licenciaturas/cquimicas/MAESTRIA_EDUC_EN_CIENCIAS_2007.pdf

Instituto de Ciencias Sociales y Humanidades "Alfonso Vélez Pliego"     

• Maestría en Ciencias del Lenguaje
• Maestría en Historia
• Maestría en Sociología

Instituto de Física "Luis Rivera Terrazas"    

• Maestría en Ciencias (Física)
• Maestría Ciencias (Ciencia de Materiales)

Instituto de Fisiología    

• Maestría en Ciencias Fisio

Facultad de Cultura Física

• Maestría en Educación Física y Deporte Escolar